Assieme alle Catacombe di Santa Lucia, quelle di San Giovanni costituiscono la parte più facilmente visitabile di tutto il complesso delle catacombe di Siracusa, che per estensione e articolazione è secondo solo a quello di Roma. L'atmosfera che aleggia questo luogo sotterraneo è straordinaria, ricca di fascino e mistero.

Questa catacomba fu scavata in massima parte fra il 315 e il 360 dopo Cristo, e rimase in uso fino alla fine del V secolo.

Contrariamente a quanto spesso si crede, la sepoltura in catacomba (ossia in gallerie sotterranee scavate nella roccia) non era affatto un uso esclusivamente cristiano, tanto è vero che a Siracusa nella Catacomba di Vigna Cassia (visitabile solo su prenotazione e solo in gruppi numerosi) si trovano a fianco a fianco sepolture di defunti cristiani e defunti pagani, evidentemente legati da vincoli di parentela e non di religione.

In effetti, a Roma esistono anche catacombe ebraiche e catacombe pagane, oltre alle meglio note catacombe cristiane.

Per risparmiare lavoro, le gallerie della Catacomba di San Giovanni di Siracusa furono aperte seguendo inizialmente il tracciato di un acquedotto greco ormai in disuso (qualche traccia si riconosce sul soffitto della galleria principale), che fu allargato fino alle dimensioni attuali. Analogamente, alcune cisterne già presenti lungo il percorso furono riconvertite in cappelle funerarie per famiglie con qualche pretesa di distinzione in più.

Questo cimitero sotterraneo nacque come luogo di sepoltura di massa per la popolazione anche povera. La roccia facilmente lavorabile permise di creare, qui e nelle altre catacombe siracusane, un tipo di sepoltura "seriale" molto particolare, battezzato dagli archeologi "arcosolio polisoma". Si tratta di lunghissime nicchie nella parete, larghe quanto un corpo umano ed alte quanto bastava per inserire il cadavere, sul cui fondo veniva murato con una lastra un primo corpo, dopodiché nel nuovo fondo così ricavato si murava un secondo corpo anch'esso sigillato da una lastra, e così via. In queste "tombe-tunnel" di fattura quasi industriale si poteva arrivare anche a trenta corpi giacenti l'uno accanto all'altro.
Quando lo spazio a disposizione in questa catacomba si esaurì, si procedette alla meno peggio, reimpiegando ogni angolo rimasto libero sulle pareti e perfino sul pavimento, invadendo anche le cisterne/cappelle, una delle quali ci è giunta ingombra dei sarcofagi di un gruppo di suore di epoca bizantina.

Non ci è difficile immaginare le migliaia di persone che per secoli percorsero queste gallerie per portare un saluto a una persona amata ormai scomparsa. I forellini in qualche lastra tombale superstite ci rivelano che in questo luogo di sepoltura cristiano era sopravvissuto un antico rito pagano, il refrigerium, che consisteva nel fare giungere attraverso queste aperture al defunto, nell'anniversario della sua morte, un poco di vino, latte e miele.